Les coteaux calcaires du site N 2000 présentent des milieux à forts enjeux écologiques : les pelouses calcaires. Ces milieux abandonnés du pâturage depuis les années 50 ont tendance à disparaître au profit des arbustes et boisements, emmenant dans leur disparition l’ensemble du cortège faune et flore associé. 
Un suivi de ces pelouses a ainsi été mis en place en 2019 par le conservatoire d’espaces naturels de Bourgogne(CENB) , animateur du site, afin de définir l’état de santé de ces milieux fragile. Selon un protocole précis permettant d’attribuer une note de conservation des pelouses, il est possible aujourd’hui d’affirmer que ces habitats sont dans un état officiellement bon (note de 79/100), mais proche de la note définissant les pelouses en état altéré donc en mauvaise santé ( 74/100). Ces milieux restent donc vulnérables et méritent toute notre attention. 
La meilleure solution pour conserver ces milieux reste la réhabilitation du pâturage, afin de freiner le développement des ligneux. Le CENB travaille ainsi actuellement avec les communes afin de faciliter le retour de ce pâturage via des outils fonciers adaptés. 
Conserver le patrimoine naturel, développer une activité économique sur le territoire, entretenir les paysages sont les défis à relever. 

En 2017, la Société d’histoire naturelle d’Autun s’est chargée d’inventorier les chauves-souris de l’ensemble des entités du site N2000 des Pelouses calcicoles et falaises des environs de Clamecy.

Avec 15 espèces recensées sur les 24 connues en Bourgogne dont 6 inscrites à l’annexe II de la Directive habitat faune flore (DHFF), le site Natura 2000 « Pelouse calcicoles et falaises des environs de Clamecy » abrite une importante diversité chiroptérologique ( chauve-souris). L’étude 2017 a permis de mettre en évidence l’intérêt des Roches de Basseville comme site d’hibernation, de regroupement automnal et comme site estival. Les autres entités représentent un intérêt moins marqués pour la conservation des chauves-souris. Ces zones sont principalement utilisées pour l’activité de chasse des chauves-souris.